Ce n'est qu'en 1999, suite à des analyses génétiques, que l'arrivée du loup de lignée Italie-Mercantour est confirmée. De 1999 à 2007, on constate une continuité de la présence du loup dans les Pyrénées-Orientales avec une alternance des massifs occupés (massif du Madres, puis Carlit-Péric, Puigmal et Canigou).
Les analyses génétiques permettent l'individualisation de deux mâles et une femelle sur le Madres, présents entre 1998 et 2000 et d'un mâle et une femelle sur le Carlit en 2003-2004, tous différents.
Malgré la présence simultanée d'animaux des deux sexes, il n'a pas été observé de reproduction. Les derniers indices relevés concernent les massifs du Madres en 2006, du Canigou en 2006-2007 et du Carlit au printemps 2007.
Le suivi a été réalisé dans un premier temps par l'Office national de la chasse et de la faune sauvage en collaboration avec les Réserves naturelles Catalanes, l'Office national des forêts et la Fédération départementale des chasseurs de ce département. En 2004, le retour du loup, de même lignée, est officialisé en Catalogne (Espagne) et une collaboration s'instaure entre les services français et catalans de l'environnement. En 2006, un réseau de 67 observateurs (le réseau loup) est mis en place pour les départements des Pyrénées-Orientales, de l'Aude et de l'Ariège. Des observateurs sont également formés pour les autres départements Pyrénéens.
Entre 2000 et 2006, 4 dommages de brebis ont été attribués au loup et indemnisés. Depuis 2007, la procédure de constat des dommages a été redéfinie pour intégrer le loup dans les départements de l'Est de la chaîne.
Source: Empreinte n° 3
Auteur: Alain Bataille,, coordonnateur du réseau loup Pyrénées, ONCFS