Le rôle principal de la CNPN est de rendre différents types d’avis au ministre chargé de la protection de la nature sur les parcs naturels régionaux:
avis d’opportunité, où elle juge du bien fondé de la démarche de créationd’un PNR et de son périmètre d’étude, ou de l’extension du périmètre d’étude d’un PNR existant dans le cadre du renouvellement de son classement,
avis final sur le projet de charte d’un PNR avant son éventuelle adoption par décret.
De plus, dans le cadre de la réforme des parcs nationaux de 2006, la commission est appelée à instruire les dossiers de chartes de parcs nationaux avant leur passage devant le CNPN plénier et à rendre l’avis définitif sur celles-ci au nom du CNPN, qui peut lui confier ce pouvoir, sauf pour les chartes créées après la réforme, dont l’examen reste son rôle exclusif.